西洋人にとって日本は長い間神秘の地でした。マルコ・ポーロはそれについて記述していましたが、実際には行ったことがありませんでした。1492年に西部を航海したクリストファー・コロンブスの目的地のひとつでしたが、1577年にポルトガルの商人や宣教師が日本に上陸した16世紀になってもほとんど知られていませんでした。ロドリゲスが14歳だった1574年にインドに渡り、客室乗務員として仕えました。この若者がなぜリスボンから南アフリカのケープタウンにある喜望峰を経由して東へと向かう危険な旅をしたのか、その理由を正確に知る人はいません。彼は異教徒を改宗させるための信仰心に満たされていたかもしれないし、単純に大金を求めていただけだったかもしれません。

理由は何であろうと、宣教師たちとともに16歳のロドリゲスは長崎に到着しました。そこで彼はイエスズ会（またはイエス会）に加わりました。ロドリゲスは、福音書の普及を促進するために日本語の学習に専念しました。いつしか彼は流暢に日本語を話せるようになり、日本人は彼を 「通訳」 と呼んでいました。彼は後の著作で「日本人は私のミドルネームTçuzzuを発音できません…。ツックさんというニックネームで呼ばれていて、ツックは日本語の“通訳（tsuyaku）”の語呂合わせである。」と書かれています。

ロドリゲスはポルトガル語と流暢な日本語を話し、日本の文化や習慣に精通していた数少ない外国人男性の一人でした。1597年のサン・フェリペ号事件など、多くの外交使節にその手腕が求められました。秀吉は船と貨物を奪い、スペイン人船長が抗議しました。彼は失われた船と貨物の補償を要求し、宣教師は軍事征服者の先駆者であると主張しました。この事件は、秀吉をキリスト教徒に対する恐怖に陥れ、人気が増していた信徒に対する恐怖を再燃させました。これにより、1597年2月、日本の殉教者26人が磔に処され、その中には欧州フランシスコ会教徒６人、日本イエズス会教徒３人、日本人キリスト教徒17人が含まれていました。

ロドリゲスは1610年まで皇帝の商業代理店として長崎に滞在しました。

当時、マードレ・デ・デウスをめぐる貿易紛争がありました。その船は前年にマカオでの戦闘に関与し、日本人船員が殺害されていました。船が長崎に戻ると、日本の役人が乗り込み、船長を逮捕しようとしました。しかしその計画は全く上手くいかず、その後の戦いで船は焼け落ちて沈没してしまいます。これを打開するため、長崎県知事はロドリゲスの追放を条件にポルトガル商人との争いを停戦させました。ロドリゲスは、イエズス会によってマカオに送還され、そこで世界で最初となる日本語の文法を説いた「Arte da Lingoa de Iapam」を出版しました。また彼は、日本史 「História da Igreja do Japão」 を書き始めましたが、完成を見ないままロドリゲスは1633年にマカオで死去しました。18世紀について書かれた最初の2つの章では、彼自身の日本での経験が含まれています。

彼の著作はジェームズ・クラべル著「 Shogun （将軍）」の中の登場人物マルティン・アルヴィートに影響を与えました。